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fragenstellen123
Anmeldungsdatum: 19.02.2021
Beiträge: 1479
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 Verfasst am: 06. Okt 2024 15:05 Titel: Phosphoramidit - Capping |
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Hallo an alle,
es handelt sich um die Festphasensynthese und zwar um das Capping.
Ich kann hier nicht ganz nachvollziehen, welches Molekül genau inaktiviert wird. Wird der 5‘OH des Phosphoramidit-Bausteins inaktiviert oder wird die 5’ HYdroxygruppe eines normalen Nukleosid inaktiviert. Das versteh ich nicht ganz. Ich habe oben das was im Sktipt stand herausgeschrieben und unten bei „Mechanismus-Capping“ stehen meine Überlegungen. Ich versteh auch nicht warum diese Linker (in organge markiert) so dargestellt sind, was bedeutet das in diesem Fall? Ist hier eine art kopplung dargestellt?
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OC-Gast
Gast
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| Verfasst am: 06. Okt 2024 15:56 Titel: capping |
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Versteh deine Frage nicht ganz.
Im Skrip ist das capping,also die blockierung der freien OH-Gruppe durch Acetylieren beschrieben.Capping-Reagenzien hier acetanhydrid und eine Base,4-Dimethylaminopyridin.
Es können auch andere N-Basen verwendet werden.Wicht ist dabei die pH-Kontrolle,daß die Tritylschutzgruppe nicht durch freie Essigsäure gespalten wird.
Ansonsten einfach Ester-Bildung(O-Acetylierung von Alkohol) mit Acetanhydrid.Da grift kein Acetat an,sonder die Acetylgruppe(aus aktivierung des Ac2O mit Base).wird auf die feie OH-Gruppe übertragen,das freiwerdende H+ von der Base ufgenommen.
Alternative N-Basen z.B. NMI(N-Methyl-imidazol).
OC-Gast.
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fragenstellen123
Anmeldungsdatum: 19.02.2021
Beiträge: 1479
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| Verfasst am: 06. Okt 2024 16:22 Titel: |
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Vielen Dank für deine Rückmeldung OC-Gast!
Kannst du mir das mit dem pH-Wert genauer erklären, den Sinn dahinter habe ich nämlich nicht verstanden. Die Reaktionsbedingungen sind: Essigsäureanhydrid/Collidine/Dimethylaminopyridin in Acetonitril.
Aber warum wird hier Dimethylaminopyridin verwendet? Hat das was mit dem pH-Wert zu tun?
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OC-Gast
Gast
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| Verfasst am: 06. Okt 2024 17:33 Titel: capping |
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| Zitat: | | Aber warum wird hier Dimethylaminopyridin verwendet? Hat das was mit dem pH-Wert zu tun? |
Ac2O + ROH -> Ac-O-R + HOAC (Essigsäure).
Bei der direkten Umsetzung wird Essigsäure frei,die beim capping verwendeten Basen wie BMAP oder NMI dienen am Ende auch als Säurefänger,die den pH-Wert ausreichend hoch halten.
Ansonsten könnte die Essigsäure teilweise Entschützung bestimmter Gruppen bewirken.
OC-Gast.
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fragenstellen123
Anmeldungsdatum: 19.02.2021
Beiträge: 1479
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| Verfasst am: 06. Okt 2024 23:47 Titel: |
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Alles klar, also Dimethylaminopyridin deprotoniert die Essigsäure sozusagen und hält den pH-Wert im basischen Bereich bzw. konstant, je nach dem, oder?
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OC-Gast
Gast
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| Verfasst am: 07. Okt 2024 08:36 Titel: capping |
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Ja,der pH-Wert bleibt so unverändert,die N-Base muß daher auch stöchiometrisch eingesetzt werden.U.U. wird auch ein Basengemisch verwendet,die Rolle des Collidins ist mir hier nicht ganz klar,kommt auf die Mengenverhältnisse an,ist aber oft als capping-Reagenz(mit anderem) zu finden.
OC-Gast.
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fragenstellen123
Anmeldungsdatum: 19.02.2021
Beiträge: 1479
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| Verfasst am: 07. Okt 2024 14:23 Titel: |
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Ist Collidin nicht gleich Dimethylaminopyridin? Ich check nicht warum hier Collidin steht, Collidin taucht nirgendswo auf.
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OC-Gast
Gast
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| Verfasst am: 07. Okt 2024 14:52 Titel: capping |
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| Zitat: | | Ist Collidin nicht gleich Dimethylaminopyridin? |
Also eigentlich sollte man sich bei dem Aufgaben-level eine solche Frage nicht mehr stellen.
DMAP,4-N,N-Dimethylaminopyridin ist etwas anderes als Collidin(sym-Collidin wäre 2,4,6-Trimethylpyridi).
Wie oben gesagt,gibt es auch Protokolle mit Collidin(das hast du ja hier im thread eingeführt,in den Zeichnungen im Skript/von dir steht nur DMAP),das sind einfach Varianten mit optimierter Reaktion.
Man findet auch welche mit Lutidin.
Wichtig ist,daß die N-Base ein ausreichend guter Säurefänger ist,um die beim capping gebildete Essigsäure abzufangen.
OC-Gast.
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fragenstellen123
Anmeldungsdatum: 19.02.2021
Beiträge: 1479
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| Verfasst am: 07. Okt 2024 15:10 Titel: |
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Ja schon, aber mich hat Collidin total verwirrt.
Aber was meinst du genau mit Protokolle? Also ich check immer noch nicht, warum im Skript Collidin steht...
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OC-Gast
Gast
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| Verfasst am: 07. Okt 2024 18:43 Titel: capping |
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| Zitat: | | Aber was meinst du genau mit Protokolle? |
Damit sind die Synthesvorschriften(Kochrezepte..) gemeint,von denen es halt für das capping allein verschiedene Varianten gibt.
| Zitat: | | Die Reaktionsbedingungen sind: Essigsäureanhydrid/Collidine/Dimethylaminopyridin in Acetonitril. |
Dies scheint eine Variante davon zu sein,oft werden die Lösungsmittel und Basen variiert,u.U. sogar ein Basengemisch eingesetzt.
Was genau hier der Vorteil von Collidin/DMAP ist,kann ich nicht sagen,ist für das grundsätzliche Verfahren des capping auch egal.
OC-Gast.
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