Nomenklatur

fragenstellen123 · Anmeldungsdatum: 19.02.2021 Beiträge: 1479

Hallo an alle,

habe ich hier den Mechanismus und die Nomenklatur des Produktes richtig formuliert? Soll hier in der Nomenklatur die Bezeichnung des Nukleotids Guanosin oder der Base Guanin sein?

Nobby · Moderator Anmeldungsdatum: 20.10.2014 Beiträge: 6781 Wohnort: Berlin

Nennt man eine RR'R"Si-O Gruppe nicht Siloxy Gruppe. Und nicht O- Silyl.

fragenstellen123 · Anmeldungsdatum: 19.02.2021 Beiträge: 1479

Achso nein, das ist tert-Butyldimethylsilyl

Nobby · Moderator Anmeldungsdatum: 20.10.2014 Beiträge: 6781 Wohnort: Berlin

Warum nicht tert-Butyldimethylsiloxy?

OC-Gast · Gast

fragenstellen123 · Anmeldungsdatum: 19.02.2021 Beiträge: 1479

Ich habe mich auch an die alten mechanismen der Phosphoramidit-Synthese orientiert, aber dieser Mechanismus ist etwas anders. Mir fällt kein anderer Mechanismus dazu ein, stimmt dieser so OC-Gast? N wird protoniert, dann greift die OH-Gruppe an und Diisopropylamin geht als Abgangsgruppe, oder?

OC-Gast · Gast

Als Edukt zur Synthese von Oligonucleotiden mittels Phosphoramidit-Methode
wird oft 2-Cyanoethyl Tetraisopropylphosphorodiamidit eingesetzt.
Zur Umsetzung mit einem geeigneten Nucleosid erfolgt in der Regel eine Aktivierung,das kann eine schwache Säure allein sein,aber auch ein passendes Nucleophil.
Oft verwendet werden Tetrazole,hier das BTT(5-(Benzylthio)-1H-tetrazol ).
Das Tetrazol wirkt als Nucleophil und durch Austausch einer der Diisopropylamino-Gruppen bildet sich ein reaktvieres Intermediat,welches dann mit der freien OH-Gruppe des Nucleoside reagiert,indem der Katalysator(hier das BTT) wieder freigesetzt wird.

OC-Gast.

fragenstellen123 · Anmeldungsdatum: 19.02.2021 Beiträge: 1479

Achso, genau. Dann müsste der Mechanismus wie folgt sein, oder?

OC-Gast · Gast

Ja,das paßt.
Das BTT ist halt eine Variante der Tetrazol-Katalysatoren,genaue Vor-/Nachteile gegenüber anderen kenne ich jetzt nicht.
Oft wird auch DCI (hier als Abk. für 4,5-Dicyanoimidazol) als Kat verwendet,mechanistisch aber analog die aktivierung.

OC-Gast.

fragenstellen123 · Anmeldungsdatum: 19.02.2021 Beiträge: 1479

Super, vielen Dank!
Und passt die Nomenklatur auch? Habe ich das Produkt richtig beschriftet?
Edit: Vor dem Guanosin sollte N^2-Methyl stehen, denke ich

OC-Gast · Gast

Das "2-N-methyl" steht noch vor dem 6-O-Substituenten,da alphabetisch die Nitrogruppe später kommt.
Statt "-p-nitrophenetyl" besser "2-(4-nitrophenyl)-ethyl,damit dann
: .."6-O-2-(4-nitrophenyl)-ethyl-guanosin--3'-[(2-cyanoethyl)-(N,N-diisopropyl)]-phosphoramidit.
Rest paßt.

OC-Gast.